两名联邦调查局特工福克斯-穆德和达娜-斯库利在局里一个名为X档案的非指定部门工作，调查涉及无法解释的超自然现象的案件。穆德是一个真正的信徒，而斯卡利是一个怀疑论者，他们从科学和超自然现象的角度来看待他们的案件。
