随着星际之门指挥部在飞马星系发现古人的城市亚特兰蒂斯，伊丽莎白-威尔博士和谢泼德少校带领一支科学探险队前往这座被遗弃的古城。一旦到了那里，考察队不仅发现自己无法与地球联系，而且他们的探索意外地唤醒了古人的致命敌人--巫妖，他们对这个新的猎物充满了渴望。现在，在新发现的当地盟友如泰拉-艾玛根的帮助下，亚特兰蒂斯团队开始揭开他们新家园的秘密，甚至开始了他们与巫妖的生存战争。
